คณะ/บัณฑิตวิทยาลัย

• คณะเทคโนโลยีการประมงและทรัพยากรทางน้ำ
• คณะบริหารธุรกิจ
• คณะผลิตกรรมการเกษตร
• คณะพัฒนาการท่องเที่ยว
• คณะวิทยาศาสตร์
• คณะวิศวกรรมและอุตสาหกรรมเกษตร
• คณะศิลปศาสตร์
• คณะเศรษฐศาสตร์
• คณะสถาปัตยกรรมและการออกแบบสิ่งแวดล้อม
• คณะสัตวศาสตร์และเทคโนโลยี
• คณะสารสนเทศและการสื่อสาร
• วิทยาลัยบริหารศาสตร์
• มหาวิทยาลัยแม่โจ้-ชุมพร
• มหาวิทยาลัยแม่โจ้-แพร่
• บัณฑิตวิทยาลัย

สำนัก

• สำนักบริหารและพัฒนาวิชาการ
• สำนักวิจัยและส่งเสริมวิชาการการเกษตร
• สำนักหอสมุด

สำนักงานอธิการบดี

• กองกลาง
• กองการเจ้าหน้าที่
• กองกิจการนักศึกษา
• กองคลัง
• กองแนะแนว สหกิจศึกษาและศิษย์เก่าสัมพันธ์
• กองแผนงาน
• กองวิเทศสัมพันธ์
• กองสวัสดิการ
• กองอาคารและสถานที่
• ศูนย์เทคโนโลยีสารสนเทศ
• ศูนย์ศิลปวัฒธรรม
• สำนักงานคุณภาพและมาตรฐานการศึกษา
• สำนักงานตรวจสอบภายใน
  

หน่วยงานวิสาหกิจ

• ศูนย์กล้วยไม้และไม้ดอกไม้ประดับ
• ศูนย์วิจัยพลังงาน
• ศูนย์ภาษา
• ศูนย์วิจัยและพัฒนาลำไยแม่โจ้
• ศูนย์วิจัยและพัฒนาไส้เดือนดิน
• ศูนย์อาคารที่พัก
• สถาบันบ่มเพาะวิสาหกิจ
• สถาบันบริการตรวจสอบคุณภาพและมาตรฐานผลิตภัณฑ์
• สถาบันรับรองระบบการผลิตผลิตภัณฑ์การเกษตร
• สำนักงานบริหารทรัพย์สิน
• สำนักพิมพ์มหาวิทยาลัยแม่โจ้
• สำนักฟาร์มมหาวิทยาลัย